การฟักไข่เป็ดจะไม่เหมือนกับการฟักไข่ไก่ และปัจจุบันตู้ฟักไข่ที่มีจำหน่ายอยู่ในตลาดส่วนใหญ่ เป็นตู้ฟักไข่ไก่ เมื่อนำมาฟักไข่เป็ดจึงทำให้เปอร์เซ็นต์การฟักออกต่ำกว่าปกติ และบางครั้ง บางฤดู เช่น ฤดูร้อน หรือฤดูฝน การฟักออกจะไม่ดี มีปัญหามาก อัตราการตายในช่วงสุดท้ายของการฟักไข่สูง หรือไม่ก็เรียกอีกอย่างหนึ่งว่ามีตายโคมสูง ทั้งนี้เพราะวิธีฟักไข่เป็ดนั้นมีวิธีที่แตกต่างออกไปจากไก่โดยสิ้นเชิง การฟักไข่เป็ดไม่ว่าจะเป็นเป็ดพันธุ์ไข่หรือเป็ดพันธุ์เนื้อ หรือเป็ดเทศสรวมทั้งห่านด้วย มีหลักการคล้ายกัน โดยเฉพาะความชื้นภายในตู้ฟักไข่ต้องสูง 75% หรืออุณหภูมิตุ้มเปียกสูงกว่า 90 องศาเอฟ โดยเฉพาะในช่วง 4 วันสุดท้ายของการฟักความชื้นสูงกว่า 80% หรืออุณหภูมิตุ้มเปียกสูงกว่า 94 องศาเอฟ ทั้งนี้เพราะว่าเป็ด เป็ดเทศ และห่านเป็นสัตว์ที่ชอบเล่นน้ำ อาบน้ำ บางครั้งแม่เป็ดจะลงไปอาบน้ำแล้วกลับเข้ามาฟักไข่ทั้งๆ ที่ขนยังเปียกไม่แห้ง บางวันแม่เป็ดโดยเฉพาะเป็ดเทศจะออกไปเล่นน้ำ อาบน้ำชำระชน ทำความสะอาดขนและกินอาหารเป็นเวลานาน 1-2 ชั่วโมง โดยเฉพาะเมื่อไข่อายุมากๆ หรือไม่เราจะสังเกตเห็นว่าแม่เป็ดจะใช้ปากของมันเกลี่ยไข่ออกมาผึ่งลมเย็นนอกปีกของมัน เมื่อมันผึ่งไข่ออกนอกปีกเป็นเวลานานพอสมควร 20-30 นาที มันก็ใช้ปากของมันดึงไข่เข้ามาไว้ใต้ลำตัวและปีกอีก จะเห็นแม่เป็ดปฏิบัติอย่างนี้ทุกวันๆ ละหลายครั้ง โดยเฉพาะวันที่มีอากาศร้อนมากๆ ซึ่งต่างไปจากแม่ไก่มักจะนั่งฟักไข่อย่างต่อเนื่อง โดยไม่ลุกออกไปกินน้ำและอาหารเป็นเวลาหลายๆ วัน จนลูกไก่ฟักออกเป็นตัว ดังนั้นการฟักไข่เป็ด ไข่เป็ดเทศ และไข่ห่าน จึงจะต้องดำเนินการตามขั้นตอนต่างๆ ดังนี้
        1.  การคัดเลือกขนาดและรูปร่างของไข่ฟัก  ไข่เป็ดที่ใช้สำหรับฟักควรจะมีขนาดสม่ำเสมอใหญ่เกินไปหรือเล็กเกินไปทำให้การฟักออกไม่ดี ดังนั้นการเลือกไข่เข้าฟักให้สม่ำเสมอสามารถเพิ่มอัตราการฟักออกได้ถึง 5% ขนาดไข่ที่พอเหมาะจะอยู่ระหว่าง 65-75 กรัม ขึ้นอยู่กับพันธุ์เป็ด นอกจากเลือกขนาดไข่แล้วยังจะต้องเลือกรูปร่างของไข่ด้วย ไข่ฟองใดที่มีรูปร่างกลม หรือแหลมเกินไปก็ไม่เอาพร้อมจะต้องเลือกไข่ที่มีเปลือกไม่ขรุขระ ทั้งนี้เพราะว่าเปลือกไข่ทุกฟองจะมีรูเล็กๆ อยู่โดยรอบ เพื่อเป็นที่ระบายอากาศและหายใจของตัวอ่อนก่อนฟักออกเป็นตัว ดังนั้นการฟักออกจะมากหรือน้อยก็ขึ้นอยู่กับคุณภาพของเปลือกไข่ด้วย พร้อมนี้ไข่ฟักทุกฟองจะไม่มีรอยบุบร้าว หรือแตก เพราะนอกจากจะฟักไข่ไม่ออกเลย แล้วยังจะต้องทำให้อากาศภายในตู้เสีย เนื่องจากไข่เน่าอีกทางหนึ่งด้วย
        2.  การเก็บรักษาไข่ก่อนนำเข้าตู้ฟัก  การฟักไข่เป็ดโดยทั่วไปแล้วมักจะรวบรวมไข่ที่เลือกไว้เป็นเวลา 2-7 วัน แล้วจึงนำเข้าตู้ฟัก บางฟาร์มอาจจะเก็บเข้าตู้ฟักทุกๆ 3 วัน หรือทุกๆ 4 วัน ถ้าไข่ฟักมีน้อยไม่มากเกินไปมักจะนำเข้าตู้ฟักทุกๆ 7 วัน ในฟาร์มที่ฟักทุกๆ 3-4 วัน ส่วนใหญ่จะเป็นฟาร์มที่ฟักลูกเป็ดจำหน่ายจำนวนมากๆ เป็นหมื่นๆ หรือแสนๆ ตัวต่อเดือน ดังนั้นเมื่อต้องการเก็บไข่ไว้นานเกินไป 1 วัน เราจำเป็นจะต้องมีวิธีเก็บรักษาไข่ไว้ให้คงสภาพเช่นเดียวกับไข่ที่ออกมาจากก้นแม่เป็ดใหม่ๆ ส่วนเกษตรกรต้องการนำไข่เข้าฟักทุกๆ วัน ก็ไม่จำเป็นจะต้องนำเข้าห้องเก็บไข่ การเก็บไข่รวมไว้เข้าฟักจะต้องเก็บในห้องเก็บไข่ที่สามารถควบคุมความร้อนความชื้นได้ สำหรับอุณหภูมิที่เหมาะสม ก็ขึ้นอยู่กับระยะเวลาของการเก็บไข่ด้วย นอกจากความร้อนและความชื้นแล้ว ยังจำเป็นจะต้องมีการกลับไข่ทุกๆ วันๆ ละ 1 ครั้ง การกลับไข่อาจจะใช้วิธีเอียงถาดไข่ทั้งถาดให้ได้มุม 80 องศา หรือใช้มือลูกไข่เบาๆ ให้เคลื่อนที่จากที่ๆ ไข่วางอยู่ให้เปลี่ยนที่เพียงเล็กน้อยก็พอเพียง การกลับไข่จะช่วยให้ตัวอ่อนภายในไม่ลอยขึ้นมาติดเปลือกไข่ และทำให้ตัวอ่อนแข็งแรง ช่วยเพิ่มเปอร์เซ็นต์การฟักออกได้อีกทางหนึ่ง การกลับไข่ทั้งถาดให้เอียง 80 องศานั้น สามารถทำได้โดยใช้ถาดไข่ของตู้ฟักเองวางเป็นชั้นๆ บนโครงเหล็กหรือโครงไม้ที่สามารถให้ถาดใส่ไข่เอียงได้ 80 องศา โดยปกติแล้วเราจะกลับไข่วันละ 1 ครั้ง ก็พอเพียง ต่อไปนี้เป็นอุณหภูมิและความชื้นภายในห้องเก็บไข่ระยะเวลาต่างๆ กัน
                  ตารางที่  2    อุณหภูมิและความชื้นสัมพัทธ์ของห้องเก็บไข่ฟักระยะเวลาต่างๆ กัน

ระยะเวลาเก็บไข่(วัน)	อุณหภูมิพอเหมาะ		ความชื้นที่เหมาะสม
	องศา C	องศา F	องศา C	องศา F
1-3	20	68	75	60
4-7	13-16	55.4-60.8	75	48-53
8-14*	11-12	51.8-53.6	80-88	46-49
14*	11-12	51.8-53.6	80-88	46-49

        3.  การรมควันฆ่าเชื้อโรค  ไข่เป็ดที่ได้คัดเลือกไว้สำหรับฟักทุกๆ ฟองจะต้องทำการรมควันเพื่อฆ่าเชื้อโรคที่เกาะติดอยู่บนเปลือกไข่ โดยเฉพาะเชื้อแบคทีเรียพวก Salmonella ซึ่งเป็นสาเหตุให้ลูกเป็ดตายก่อนเจาะเปลือกไข่ โดยปกติแล้วเราจะทำการรมควันให้เร็วที่สุดหลังจากเป็ดได้ไข่ออกมาแล้ว ทางด้านปฏิบัติเราก็รมควันก่อนที่จะนำไข่เข้าห้องเก็บไข่ ด้านหลังควันที่ใช้รมฆ่าเชื้อโรคจะเป็นควันที่เกิดจากการผสมด่างทับทิมกับฟอร์มาลิน 40% แสดงไว้ในตารางที่ 2 จุดที่สำคัญอย่างยิ่งอีกประการหนึ่งคือห้ามรมควันไข่ที่ฟักไปแล้ว 24-72 ชั่วโมง และเช่นเดียวกันจะไม่รมควัน สำหรับไข่ที่ลูกเป็ดกำลังเจาะเปลือกไข่ออกหรือลูกเป็ดออกจากเปลือกไข่แล้วอย่างเด็ดขาด
        4.  การฟักไข่ระยะแรก 1-24 วัน การฟักไข่เป็ดโดยใช้ตู้ฟักไข่ในปัจจุบัน ส่วนใหญ่แล้วหรือเกือบทั้งหมดจะฟักโดยใช้ตู้ฟักไข่ที่สร้างขึ้นมาใช้สำหรับฟักไข่ไก่ จึงทำให้เป็นเปอร์เซ็นต์การฟักออกของไข่เป็ดต่ำกว่าที่ควรจะเป็น บางครั้งการฟักออกต่ำกว่ามาตรฐานถึง 30% และจะพบปัญหานี้อยู่เป็นประจำ ทั้งนี้เพราะว่าการฟักไข่เป็ดมีความแตกต่างจากการฟักไข่ไก่ สาเหตุใหญ่ๆ เข้าใจว่าไข่เป็ดต้องการอากาศออกซิเจนมากกว่าและในปริมาณที่แน่นอนกว่าไข่ไก่ และไข่เป็ดเปลือกหนากว่าไข่ไก่ ตลอดจนรูเล็กๆ บนเปลือกไข่เป็นจะรูใหญ่กว่าของไข่ไก่ ซึ่งเข้าใจว่าจะเป็นส่วนที่ทำให้เกิดปัญหาสำหรับการฟักโดยใช้ตู้ที่ใช้สำหรับฟักไข่ไก่ การฟักไข่ไก่และไข่เป็ดในตู้เดียวกันจะไม่ค่อยประสบผลสำเร็จเอาเสียเลย
        ปัจจัยที่สำคัญที่สุดสำหรับฟักไข่เป็ดคือ การควบคุมอุณหภูมิความชื้น การระบายอากาศเสียออกจากตู้ การหมุนเวียนของอากาศออกซิเจน การกลับไข่ และการทำให้ไข่เย็นเป็นระยะๆ ตลอดการฟักไข่ซึ่งปัจจัยทั้งหมดนี้ถ้าไม่ได้รับการจัดการที่เหมาะสมแล้ว การฟักไข่เป็ดจะไม่ได้ผลดีเท่าที่ควร
        4.1  อุณหภูมิ อุณหภูมิภายในตู้ฟักไข่นับว่าเป็นปัจจัยที่สำคัญยิ่งปัจจัยหนึ่งสำหรับการฟักไข่ การตั้งอุณหภูมิผิดจากที่กำหนดในระยะ 1-24 วันแรกของการฟักไข่นั้น จะไม่สามารถแก้ไขให้การฟักออกดีขึ้นได้ การตั้งอุณหภูมิเกินกว่าที่กำหนด 1 องศา C จะทำให้ลูกเป็ดที่ออกมามักมีท้องมานท้องบวมใหญ่และลูกเป็ดจะอ่อนแอโดยทั่วๆ ไปแล้วการสตั้งอุณหภูมิต่ำกว่าที่กำหนดจะมีผลร้ายน้อยกว่าการตั้งอุณหภูมิสูง อุณหภูมิที่เหมาะสมแบ่งออกเป็นระยะต่างๆ 4 ระยะดังตารางที่ 3
    ตารางที่ 3  ความเข้มข้นและระยะเวลาที่ใช้ในการรมควันฆ่าเชื้อโรคบนเปลือกไข่เป็ดที่ใช้สำหรับฟัก

ชนิดที่ใช้รมควัน	ปริมาตรตู้ฟัก/ตู้อบ(กรัม)	ด่างทับทิม(กรัม)	ฟอร์มาลิน(ซีซี)	เวลา
ไข่ที่เก็บไว้ฟัก	100	60	120	20
ไข่ที่นำเข้าตู้ฟักวันแรก	100	40	80	20
ไข่ที่ฟักไปแล้ว 24 วัน	100	20	40	30
ตู้ฟักไข่ที่ไม่มีไข่	100	60	120	30
อุปกรณ์ต่างๆ	100	60	120	30

        4.2  ความชื้น ความชื้นเป็นอีกปัจจัยหนึ่งที่จะต้องเอาใจใส่และควบคุมให้อยู่ในระดับที่เหมาะสม ทั้งนี้เพราะความชื้นเป็นตัวที่กำหนดหรือควบคุมการระเหยของน้ำออกจากไข่ โดยธรรมชาติแล้วน้ำจะระเหยออกจากไข่ทันทีที่ไข่ออกจากก้นแม่เป็ด คุณภาพของไข่เป็ดจึงขึ้นอยู่กับปริมาณของน้ำที่ระเหยออกมากเกินไปจะฟักไม่ค่อยจะออก ดังนั้นจึงจำเป็นจะต้องเอาใจใส่และควบคุมตั้งแต่ระยะเก็บไข่รวบรวมไว้สำหรับฟัก ไปจนถึงขณะที่กำลังฟักอยู่ในตู้ฟักไข่ การระเหยของน้ำออกจากไข่มีปัจจัยที่เกี่ยวข้องคืออุณหภูมิในอากาศ ความชื้นในอากาศและการหมุนเวียนของอากาศรอบๆ เปลือกไข่ ในระยะเก็บไข่เพื่อรอเข้าตู้ฟักพร้อมๆ กัน จะต้องพยายามรักษาน้ำให้ระเหยออกจากเปลือกไข่น้อยที่สุด โดยการควบคุมความร้อนและความชื้นในอากาศของห้องเก็บไข่ ถ้าเก็บไข่ไว้ 7 วัน ควรจะเก็บไว้ที่อุณหภูมิ 13 องศา C ความชื้น 75% (ตารางที่ 2) ถ้าเก็บไว้ 3-4 วัน อุณหภูมิควรจะเป็น 20 องศา C ความชื้น 75%
        เมื่อไข่อยู่ในตู้ฟักไข่เราก็จะต้องควบคุมความชื้นอย่างใกล้ชิดและเอาใจใส่เป็นพิเศษ ทั้งนี้ เพราะอุณหภูมิของตู้ฟักไข่สูงถึง 99-100 องศา F อุณหภูมิสูงนี้จะทำให้น้ำระเหยออกจากไข่เร็วขึ้น ถ้าความชื้นภายในตู้ต่ำ ดังนั้นจึงต้องปรับความชื้นภายในตู้ให้สูงขึ้นอยู่ระดับ 63%-86% ขึ้นอยู่กับอายุของไข่ฟักระยะต่างๆ ดังตารางที่ 4 การควบคุมความชื้นภายในตู้มีวัตถุประสงค์ที่จะควบคุมขนาดของช่องอากาศภายในให้มีขนาดค่อยๆ กว้างขึ้นจนได้ ขนาด 1 ใน 3 ของไข่เมื่อไข่อายุได้ 27 วัน ถ้าช่องอากาศแคบหรือเล็กเกินไป ตัวอ่อนจะตายและมีน้ำรอบๆ ตัวอ่อนมาก พร้อมนี้ไข่แดงจะไม่ถูกดูดไปใช้จึงเหลืออยู่จำนวนมาก และไข่แดงจะไม่เข้าไปอยู่ในท้องลูกเป็น ถ้าหากช่องว่างอากาศมากเกินไปตัวอ่อนจะแห้งตายและฟักไม่ออกเช่นกัน ดังนั้นการรักษาระดับความชื้นและความร้อนภายในตู้จึงจำเป็นอย่างยิ่ง การเพิ่มความชื้นในทางปฏิบัติเราจะเอาน้ำใส่ถาดขนาดใหญ่และกว้างไว้ใต้ถาดไข่ หรือวางบนพื้นของตู้ฟัก ถ้าหากความชื้นยังไม่พอเพียงเราก็ทำได้โดยการเพิ่มถาดใส่น้ำให้มากขึ้น บางครั้งเราอาจจะต้องวางถาดน้ำถึง 2 ชั้น โดยดัดแปลงถาดใส่ไข่เป็นถาดใส่น้ำ พร้อมกันนี้เราจะต้องปรับช่องอากาศให้เล็กลงอีกด้วย ถึงแม้ว่าความชื้นจะมีผลต่อการฟักออกของไข่เป็ดอย่างยิ่ง แต่ความต้องการของความชื้นภายในตู้ฟักไม่ใช่ว่าจะตรง 100% ตามที่กำหนด แต่ความสูง-ต่ำ ของความชื้นค่อนข้างจะกว้างกว่าอุณหภูมิคือไม่ทำให้มีผลต่อการฟักออกมากนัก ถ้าหากความชื้นผิดไปจากที่กำหนดบ้างเล็กน้อยไม่เหมือนกับความต้องการของอุณหภูมิ ซึ่งผิดไปบ้างเล็กน้อย 0.5-1 องศา F จะมีผลต่อการฟักออกอย่างยิ่ง การที่ความต้องการความชื้นมีช่องห่างระหว่างสูง-ต่ำ ได้พอสมควรนั้น เพราะว่าไข่เป็ดเองมีกลไกที่สามารถควบคุมการระเหยของน้ำได้บางส่วน การควบคุมความชื้นในตู้ฟักจะยิ่งยากมากขึ้นในบางส่วน การควบคุมความชื้นในตู้ฟักจะยิ่งยากมากขึ้นในบางพื้นที่และบางฤดู โดยเฉพาะฤดูที่อากาศมีความร้อนและความชื้นสูง การฟักไข่เป็ดจะต้องเอาใจใส่เป็นพิเศษและคอยตรวจสอบดูว่าช่องอากาศภายในไข่ได้ขนาดความต้องการหรือไม่ ถ้าไม่ได้ก็จำเป็นจะต้องมีการปรับความชื้นและช่องระบายอากาศเสียให้เหมาะสมไปพร้อมๆ กัน
                  ตารางที่  4    อุณหภูมิและความชื้นที่เหมาะสมในตู้ฟักไข่เป็ดโป๊ยฉ่าย

ชนิดตู้ฟัก	ระยะที่	อายุไข่	อุณหภูมิ		ความชื้น
			ตุ้มแห้ง	ตุ้มเปียก
ตู้ฟัก	1	1-4	100 องศา F	88 องศา F	63
ตู้ฟัก	2	5-12	99 องศา F	90 องศา F	70
ตู้ฟัก	3	13-27	99 องศา F	91 องศา F	75
ตู้ฟัก	4	18-30	98 องศา F	94 องศา F	86

        4.3  การกลับไข่ การกลับไข่โดยธรรมชาติแม่เป็ดจะใช้เท้าและปากเกาะพลิกไข่ให้เคลื่อนที่วันละประมาณ 16 ครั้ง เพื่อให้ตัวอ่อนภายในไข่เคลื่อนที่จากตำแหน่งหนึ่งไปอีกตำแหน่งหนึ่ง ไม่เกาะติดเปลือกไข่จนตาย นอกจากนี้การกลับไข่ยังทำให้ตัวอ่อนใช้อาหารจากไข่แดง ไข่ขาวได้ดียิ่งขึ้น พร้อมกับทำให้มีการแลกเปลี่ยนอากาศเสียที่ตัวอ่อนขับถ่ายออกมากับอากาศภายนอกไข่ได้ดียิ่งขึ้น โดยปกติแล้วตู้ฟักไข่จะออกแบบมาให้มีการกลับไข่โดยอัตโนมัติทุกๆ ชั่วโมง พร้อมกับมีคันโยกเพื่อกลับไข่ด้วยมือได้เมื่อจำเป็นเมื่อเวลาไฟฟ้าดับ การกลับไข่ต้องให้ไข่เอียงได้ 80 องศา ซึ่งต่างไปจากการกลับไข่ไก่ที่ต้องการเพียง 45 องศา และการกลับไข่อย่างน้อยวันละ 5 ครั้ง ถ้าหากกลับไข่น้อยกว่า 5 ครั้ง ภายใน 24 ชั่วโมง จะทำให้การฟักออกต่ำ การกลับบ่อยครั้งไม่มีปัญหาแต่เกินความจำเป็นเสียเวลาและค่าใช้จ่าย
        4.4  การระบายอากาศ การระบายอากาศและการหมุนเวียนของอากาศภายในตู้มีความสำคัญเช่นเดียวกับอุณหภูมิและความชื้น ทั้งนี้เพราะในระหว่างการฟักไข่นั้นตัวอ่อนและลูกเป็ดภายในไข่ จะต้องมีการหายใจและถ่ายเทอากาศเสียออกมาจากไข่ โดยเฉพาะอากาศคาร์บอนไดออกไซด์ (CO2) ที่เกิดจากการหายใจของตัวอ่อน ในระยะต้นๆ ของการฟักไข่ที่ตัวอ่อนอายุไม่มากและตัวไม่โต การหายใจถ่ายเทอากาศเสียยังไม่มากนักยังไม่มีปัญหาเท่าไร แต่ว่าเมื่อตัวอ่อนเติบโตขึ้น การหายใจยิ่งมีปัญหามากขึ้นเป็นทวีคูณ โดยเฉพาะช่วงสุดท้ายชองการฟักอายุ 27-30 วัน ตัวอ่อนใกล้จะเจาะเปลือกไข่ยิ่งจะหายใจถ่ายอากาศคาร์บอนไดออกไซด์ออกมาก และต้องการอากาศออกซิเจนมากจึงต้องเปิดช่องอากาศออก และช่องอากาศเข้าให้กว้างขึ้น แต่จะต้องรักษาความชื้นให้ได้ใกล้เคียงตามที่ต้องการ นอกจากนี้ยังจะต้องพิจารณาด้วยว่าอากาศภายในโรงฟักไข่ก็จะต้องมีการระบายอากาศได้ดีอีกด้วย เพราะว่าการถ่ายเทอากาศเสียภายในตู้ออกมาข้างนอกเป็นการแลกเปลี่ยนอากาศซึ่งกันและกัน ระหว่างข้างนอกและข้างในตู้ ดังนั้นถ้าอากาศนอกตู้ไม่ดีมีคาร์บอนไดออกไซด์มาก อากาศเสียในตู้ฟักก็เหมือนกับไม่ได้ถูกระบายออก เพราะเป็นการแลกเปลี่ยนระหว่างอากาศเสียกับอากาศเสีย
        4.5  การฉีดน้ำบนไข่ฟัก  ในการฟักไข่เป็ดนั้นเราพบว่าการฉีดพ่นน้ำลงไปบนไข่ที่มีอายุตั้งแต่ 14-24 วัน ในไข่เป็นพันธุ์ไข่ธรรมดา และ 14-27 วันในไข่เป็ดโป๊ยฉ่ายจะทำให้การฟักออกสูงขึ้นกว่าไม่ได้พ่นน้ำและนอกจากนี้การฉีดน้ำเย็น และสะอาดบนไข่ทุกๆ วันๆ ละ 1 ครั้ง ยังทำให้ตัวอ่อนพายในไม่มีการเจริญเติบโตและแข็งแรงอีกด้วย เหตุผลที่แท้จริงไม่เป็นที่ทราบแน่ชัด แต่มีการรายงานและค้นคว้าจากนักวิชาการหลายๆ ท่านพบว่าการฉีดน้ำหรือเรียกว่าการให้ไข่ฟักเย็นลงเป็นระยะๆ นั้น ทำให้เนื้อเยื่อที่ห่อหุ้มตัวอ่อนเข้ามาสัมผัสกับผิวของเปลือกไข่มากยิ่งขึ้น จึงทำให้ลูกเป็ดหรือตัวอ่อนเจริญเติบโตดีและแข็งแรง พร้อมทั้งมีแรงสำหรับเจาะเปลือกไข่มากยิ่งขึ้น
        อย่างไรก็ดีแม้ว่าการฉีดน้ำเป็นฝอยๆ ลงบนไข่ก็มีข้อเสียอยู่มากเช่นกัน ถ้าหากไม่ปฏิบัติให้ถูกต้อง และคำนึงถึงปัจจัยอื่นๆ การฉีดน้ำทำให้บรรยากาศภายในตู้ฟักไข่เหมาะที่พวกจุลินทรีย์ต่างๆ เจริญเติบโต โดยเฉพาะจุลินทรีย์ที่ปะปนมากับน้ำ เมื่อพ่นลงไปบนเปลือกไข่แล้วจุลินทรีย์นี้จะเจริญเติบโตและเจาะลึกลงไปในไข่ทำลายตัวอ่อนให้ตายฟักไม่ออกได้ ดังนั้นน้ำที่ใช้พ่นจึงต้องเป็นน้ำที่ผสมยาฆ่าเชื้อหรือด่างทับทิมอยู่ในปริมาณที่แนะนำโดยผู้ผลิต ในด้านปฏิบัติการฉีดน้ำจะทำวันละครั้ง ในช่วงเวลาใดก็ได้ที่เห็นว่าความชื้นในอากาศต่ำกว่าเวลาอื่นๆ ก่อนฉีดเราจะต้องเปิดฝาตู้ฟักออกให้กว้างเต็มที่ปล่อยให้พัดลมตู้ฟักทำงานปกติ แต่ปิดสวิชไม่ให้ลวดร้อนทำงาน เปิดทิ้งไว้ประมาณ 1 ชั่วโมง จนไข่ลดอุณหภูมิลงมาเท่ากับอุณหภูมิภายนอกทดสอบได้จากการเอาไข่แตะบนหนังตาของเราจะไม่รู้สึกร้อน ที่จุดนี้เป็นจุดที่จะทำการพ่นน้ำให้เป็นละอองฝอยๆ บนไข่ทุกๆ ถาดจากด้านบนลงมาด้านล่าง ปริมาณน้ำที่ใช้ประมาณ 5-8 ลิตรต่อไข่ 10,000 ฟอง เมื่อฉีดน้ำแล้วจะต้องปล่อยให้ตู้ฟักเดินพัดลมและเปิดประตูไปอีกประมาณ 1 ชั่วโมง จนกว่าน้ำบนเปลือกไข่จะแห้ง และเรานำไข่มาแตะที่หนังตาจะรู้สึกเย็นเลยทีเดียว ที่จุดนี้เราก็ปิดตู้ฟักไข่และเปิดลวดร้อน เดินเครื่องเป็นปกติต่อไปจนถึงวันพรุ่งนี้และวันต่อๆ ไป จนไข่อายุครบ 24 วัน และ 27 วัน สำหรับเป็ดไข่และเป็ดโป๊ยฉ่าย
        ในกรณีที่บางฤดูความชื้นในอากาศสูง หรือวันที่มีฝนตกอากาศชื้นเราก็ไม่จำเป็นจะต้องพ่นหรือฉีดน้ำ เป็นแต่เพียงเปิดตู้ปิดสวิชลวดร้อน และเปิดพัดลมให้เดิน เพื่อให้ไข่เย็นวันละ 1-2 ชั่วโมงก็พอ ข้อแนะนำอีกประการหนึ่ง คือไม่ควรที่จะฉีดหรือพ่นน้ำจนให้โชคหรือมากเกินไป จะทำให้ความชื้นสูงเกินกว่าระดับที่ตัวอ่อนและลูกเป็ดต้องการ และจะทำให้เกิดผลเสียมากกว่าผลดี
        5.  การฟักไข่ระยะสุดท้าย (28-30 วัน) การฟักไข่เป็ดโป๊ยฉ่ายระยะ 3 วันสุดท้าย จะต้องฟักในตู้อีกตู้หนึ่งต่างหากที่เราเรียกว่า ตู้เกิด ทั้งนี้เพราะว่าการจัดการการฟักไข่ ความต้องการอุณหภูมิ และความชื้นแตกต่างไปจากระยะ 27 วันแรก ระยะนี้ต้องการอุณหภูมิต่ำกว่าระยะแรก 1 องศา F หรือเท่ากับ 98 องศา F ที่ต้องการต่ำเนื่องจากว่าระยะ 3 วันหลังนี้ ตัวอ่อนได้เจริญเติบโตมากและสมบูรณ์พร้อมที่จะเจาะเปลือกไข่ออกมาดูโลกภายนอก ระยะนี้ลูกเป็ดจึงต้องมีการหายใจและเกิดความร้อนขึ้นภายในตัวของมันเองได้ และความชื้นจะยิ่งมากขึ้น เมื่อลูกเป็ดเจาะเปลือกออกมาแล้วยิ่งลูกเป็ดเจาะออกมามากความร้อนยิ่งมากเป็นเงาตามตัว ดังนั้นในบางครั้งความร้อนในตู้เกิดจะสูงเกินกว่าที่ตั้งเอาไว้ทั้งๆ ที่ลวดร้อนหรือฮิ้ทเตอร์ไม่ทำงาน ถ้าหากตู้เกิดไม่สามารถควบคุมความร้อนเกินนี้ได้ จะทำให้ลูกเป็ดฟักออกมีเปอร์เซนต์ลดลงถึง 20% ถ้าหากความร้อนเกิน 1.7 องศา C หรือ 3 องศา F และจะเป็นอันตรายอย่างยิ่ง ถ้าอุณหภูมิสูง 103 องศา F ดังนั้นถ้าตู้เกิดรุ่นใหม่ๆ จะมีอุปกรณ์ที่ช่วยพัดเป่าลมเย็นจากภายในห้องฟักไข่เข้าไปลดความร้อนในตู้เกิดขณะที่อุณหภูมิเกิน พร้อมกันนี้ก็จะเป่าไล่อากาศเสียที่เกิดจากลูกไก่ออกไปจากตู้อีกด้วย ส่วนตู้ที่ไม่มีอุปกรณ์เป่าลมเย็นก็สามารถลดความร้อนในตู้ลงได้ โดยการเปิดช่องอากาศเสียและช่องอากาศดีให้กว้างขึ้นจนได้อุณหภูมิและความชื้นที่ต้องการ
        ความชื้นในระยะ 3 วันสุดท้ายของการฟักไข่เป็ดโป๊ยฉ่าย นับว่าสูงมาก คือต้องการความชื้นสัมพัทธ์ 86% หรือเท่ากับอุณหภูมิของตุ้มเปียก 94 องศา F ความชื้นสูงระดับนี้นับว่าเป็นการยากมากเพื่อจะเพิ่มให้สูงได้ นอกจากว่าเราจะต้องเพิ่มถาดใส่น้ำให้มากขึ้น บางทีถาดใส่น้ำอาจจะต้องใส่ถึง 2-3 ชั้น เพื่อให้ความชื้นได้ระดับ และเมื่อความชื้นได้รับแล้วห้ามเปิดฝาตู้ฟักไข่อย่างเด็ดขาด เพราะจะทำให้ความชื้นลดลงอย่างรวดเร็ว จะทำให้ลูกเป็ดที่กำลังจะออกเป็นตัวแห้งติดเปลือกไข่ตายในที่สุด ถึงแม้ว่าจะเป็นเพียงนิดเดียวก็ไม่ควรปฏิบัติถ้าหากไม่จำเป็นจริงๆ ทั้งนี้เพราะว่าเมื่อความชื้นลดลงแล้วกว่าจะให้ตู้ทำงานให้ได้ความชื้นสูงระดับเดิมนั้น จะต้องใช้เวลานานมากและมากกว่าการเพิ่มอุณหภูมิ
        การฟักไข่ในระยะสุดท้ายนี้ มีข้อแตกต่างจากระยะแรกอีกประการหนึ่งคือ จะไม่มีการกลับไข่ แต่จะปล่อยให้นอนนิ่งอยู่บนถาดไข่เพื่อให้ลูกเป็ดเจาะเปลือกไข่ออกได้สะดวก ทั้งนี้เพราะว่าในช่วงที่ลูกเป็ดพยายามเจาะเปลือก ลูกเป็ดจะดิ้นทำให้ไข่กลิ้งไปมาเพื่อให้ได้มุมที่สามารถทำให้เปลือกไข่แตกออกมาได้ ฉะนั้นในการใส่ไข่ในถาดก็ไม่ควรให้ไข่แน่นจนเกินไป ควรมีช่องว่างให้ห่างเล็กน้อย
        เนื่องจากการฟักไข่ระยะหลัง 3 วันสุดท้าย มีความแตกต่างจากการฟักไข่ในช่วงแรกอย่างสิ้นเชิง ดังนั้นจึงใคร่แนะนำให้มีการแยกตู้ฟักกันคนละตู้ หรืออยู่ในตู้เดียวกันแต่กั้นห้องแยกจากกันจะให้ผลดีที่สุด